Прохождение судов и кораблей из Финского залива к устью Невы было возможно лишь к югу от острова Котлин. В северной части залив был слишком мелок для прохода больших судов, в чём Пётр убедился, лично проверив доложенные ему результаты замера глубин.

Дорогу непрошенным гостям должны перекрывать орудия системы фортов и батарей. Первый форт был построен на насыпанном островке уже за одну зиму 1703-04 годов, на отмели, тянущейся от материка на север и оканчивающейся вблизи острова Котлин — на краю фарватера со стороны материка. Весной шведы, открывая навигацию, с удивлением обнаружили в заливе, который они ещё недавно считали своим, новую крепость, отныне закрывшую им подход к Невской губе.

7 (18) мая 1704 года крепость была освящена и названа Кроншлот (нидерл. Kronslot — коронный замо́к). Этот день считается датой основания города Кронштадта. Расположение Кроншлота оказалось настолько удачным, что за всю его историю (и Кронштадта впоследствии) мимо него не прошло ни одно неприятельское судно.

В 1706 году крепость дополнена Александр-шанцем в западной оконечности острова.

К большим строительным работам, планы которых вынашивались давно, приступили в ноябре 1709 года. В это время, как явствует из «Журнала или поденной записки Петра Великого», «указано строить пристани на Санкт-Петербургском берегу, также и на Котлинском острову: гавань, пристани и магазейны».

Фактически на Котлине работы по строительству военной гавани начались лишь в июне 1712 года. Ими руководили вице-адмирала К.И. Крюйс и капитана Э. Лейн. Строили быстро. Уже осенью этого года корабельный флот впервые остался на зимнее базирование в новой военной гавани. Должность флагмана исполнял капитан-командор В. Шельтинг, главным помощником являлся руководитель строительства капитан Э. Лейн .

Следующую зиму часть корабельного флота также осталась зимовать в гавани острова Котлин, где обязанности флагмана возложили на капитан-командора П.И. Сиверса (в Санкт-Петербурге стояли галеры и бригантины, основная часть галерного флота на зимнее базирование стала в Ништадте (Финляндия)).

В феврале 1717 года на острове Котлин началось строительство новой гавани по проекту Петра I. Первый венец 12 февраля положил Александр Меншиков, после чего начали бить первые сваи.

22 ноября того же года руководителем работ по строительству был назначен сенатор Михаил Михайлович Самарин, которому предписывалось: «…радеть и делать и понуждать, чтоб конечно было сделано, несмотря ни на кого; делать прямо под потерянием живота». Работа на Котлине, возложенная на М.М. Самарина, постепенно расширялась: первоначально ему был поручен надзор за постройкой гаваней, с мая 1719 года он заведовал работами по устройству канала и доков, а с октября 1720 года ему было поручено окончить постройку большей части каменных домов, начатую губерниями еще в 1715 году. Всеми этими работами заведовала Канцелярия гаванного, канального и губернских домов[1]строения.

Уже в марте 1718 года вице-адмирала К.И. Крюйс доносил о гавани на острове Котлин в Сенат: «… Новое гаванское строение строено хотя еще не совсем, однако предбудущую осень сорока военным кораблям в той гавани стоять можно…» И в середине сентября основные силы корабельного и галерного флота пришли на зимнее базирование в гавань острова Котлин.

Строительство велось несколько лет. В марте 1719 года было завершено строительство Купеческой гавани, и уже в этом году в «котлинский» порт из Европы пришло около ста торговых судов. По мере готовности отдельных гаваней, их стали вооружать пушками. В 1723 году завершена чистая отделка последней гавани — Военной. В дальнейшем продолжаются работы по оборудованию гаваней для приема и обслуживания военных и торговых кораблей.

7 (18) октября 1723 года на острове Котлин в торжественной обстановке состоялась закладка Петром I крепости Кронштадт, «…которая заключала бы в себя весь город и все портовые сооружения, и служила бы делу обороны со всех сторон». Тогда же и город на острове Котлин был назван Кронштадтом, что означает «коронный город» (город-крепость или укрепленный город).

С 1720-х Кронштадт стал главной военно-морской базой Балтийского флота. В 1722 году сооружён форт-остров «Цитадель». В 1723-47 годах построена центральная крепость, окружающая Кронштадт с моря и суши.

[1] Дома получили название «губернских», так как строились, по приказу Петра I, силами и средствами губерний России, а возведение поручалось губернаторам. Приказ об их строительстве был издан 10 марта 1714 года.